日本福音教団は1953年に設立されました。太平洋戦争終結後、日本が独立した1952年ごろ、日本基督教団から吉野勝栄、星野栄一らの指導者とその同志が出て、新たに独立した宗教法人として日本福音教団を結成しました。吉野勝栄氏が初代の総会議長に選出され、副議長に星野栄一氏が就任しました。設立当初は、戦後の混乱期を経て、日本に福音主義の教義を純粋に守る教団として活動してきました。

その後、1971年には教団の一部が分裂し、「日本福音教会連合」が設立されました。1980年代からは韓国や中国の宣教師を受け入れ、国内の伝道活動を積極的に支援しました。1990年代にはリーダー交代や組織的な再編が行われ、教団の基盤が強化されました。2002年には創立50周年記念行事が行われています。

2018年以降は再生を目指す動きが活発化し、聖会や総会で新体制が整備されてきました。2019年には新たな代表役員も選出され、現在に至っています